Фамилия Сафоненкова — это отчество второго порядка, и в этом её главная особенность. Чтобы добраться до корня, нужно пройти два шага: сначала от фамилии к отчеству, а затем к имени. Сафоненков — это сын Сафоненко, то есть внук человека по имени Сафон. Такую цепочку словообразователи называют «внучеством»: сначала появилось отчество для сына (Сафоненко), а потом — для внука (Сафоненков). Женская форма Сафоненкова закрепилась за женой или дочерью Сафоненкова.

Само имя Сафон — просторечная, народная форма канонического церковного имени Софонтий (в библейской традиции — Софония). В переводе с древнееврейского оно означает «Бог скрыл» или «Бог защитил». Такое сокращение и упрощение было типично для русской деревни: длинное и непривычное церковное имя в быту ужималось до короткого и звучного. От той же основы пошли и другие фамилии — Сафонов, Сафоненко, Сафончиков, — так что Сафоненкова стоит в одном ряду с ними, но отличается именно суффиксом -енк-, который указывает на западнорусское или украинское происхождение предка.

Интересно, что суффикс -енко в отчестве Сафоненко чаще встречается на территории современной Украины и в южных областях России, тогда как в центральной России закрепилась бы форма Сафонов. Значит, предок носительницы фамилии, вероятно, жил на стыке этих культур или мигрировал оттуда на север. Со временем отчество Сафоненко стало самостоятельной фамилией, а от неё уже образовалась форма с -ов: Сафоненков. Так что в фамилии спрессовалась память о трёх поколениях: о прадеде Сафоне, о его сыне и о внуке, чьё имя закрепилось в роду навсегда.