Имя Сафон является просторечным вариантом канонического имени Софонтий (Софония), которое в переводе с древнееврейского означает «Бог скрыл (защитил)». Сама по себе фамилия Сафоненкова является отчеством второго порядка: Сафоненков - сын Сафоненко, внук Сафона. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сафон, со временем получил фамилию Сафоненков.