Фамилия Сахоненкова — женская форма от Сахоненков, а та, в свою очередь, принадлежит к распространённому на востоке Беларуси и в западных областях России типу фамилий с суффиксом -енков. Этот суффикс — региональный вариант общефамильного -ов, характерный для фамилий, возникших на территории Смоленщины, Брянщины и прилегающих районов. Если бы фамилия сложилась, скажем, в Московской губернии, она звучала бы как Сахонов или Сахонкин. Форма на -енков выдаёт в предках выходца из зоны, где в XVI–XVII веках активно действовала польско-литовская ономастическая традиция, приспособленная к восточнославянской почве.

В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Сахон. Скорее всего, это просторечная, обиходная форма канонического имени Александр. В народной речи «Александр» давал множество сокращений: Саша, Саня, Шура, а в западнорусских говорах — Сахон, Сахно. Уменьшительный суффикс -он (как в «Михон» от «Михаил» или «Степон» от «Степан») указывает на бытовую, неофициальную среду. Таким образом, Сахоненков — буквально «сын Сахона», то есть потомок человека по имени Сахон (Александр).

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с прозвищем от слова «сахать» (в диалектах — «пачкать», «марать») или с глаголом «сахать» в значении «сажать». Однако в ономастике всегда предпочитают объяснение через личное имя, если оно фонетически правдоподобно. Имя Александр было одним из самых популярных на Руси, и его производные дали десятки фамилий: Алексанов, Санин, Шурин, Шуренков — и Сахоненков в том же ряду.

Сословно фамилия Сахоненков (и её женская форма) не несёт аристократических признаков. Отсутствие суффикса -ский и характерный «крестьянский» суффикс -енков указывают на происхождение из среды крестьян или однодворцев. В XIX веке такие фамилии часто фиксировались в ревизских сказках Смоленской, Могилёвской и Витебской губерний. Носительница фамилии Сахоненкова может с высокой вероятностью искать корни в этих краях — в треугольнике Смоленск — Могилёв — Витебск.

Сегодня фамилия встречается редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Сахоненкова, ваша родовая линия с большой долей вероятности не прерывалась миграциями крупных масс населения и сохранила региональную привязку к западу России или востоку Беларуси.