Имя Сафон является просторечным вариантом канонического имени Софонтий (Софония), которое в переводе с древнееврейского означает «Бог скрыл (защитил)». Сама по себе фамилия Сафоненков является отчеством второго порядка: Сафоненков - сын Сафоненко, внук Сафона.