Фамилия Сафоненков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Сафоненков послужило церковное имя Софонтий. Имя Сафон является просторечным вариантом канонического имени Софонтий (Софония), которое в переводе с древнееврейского означает «Бог скрыл (защитил)». Сама по себе фамилия Сафоненков является отчеством второго порядка: Сафоненков - сын Сафоненко, внук Сафона. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сафон, со временем получил фамилию Сафоненков. О точном месте и времени возникновения фамилии Сафоненков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Сафоненков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.