Фамилия Сафоненков — это классическое русское отчество, которое шагнуло через поколение. Если разобрать её по косточкам, то перед нами отчество второго порядка: Сафоненков — это сын Сафоненко и внук Сафона. Такую цепочку выстраивали, когда хотели подчеркнуть принадлежность к роду через имя деда, а не отца.

В основе фамилии лежит имя Сафон — просторечная, народная форма канонического церковного имени Софонтий (в библейской традиции — Софония). В переводе с древнееврейского оно означает «Бог скрыл» или «Бог защитил». Такое имя давали при крещении, но в быту использовали более короткий и удобный для произношения вариант — Сафон. Именно от этого обиходного имени и пошли многочисленные фамилии: Сафонов, Сафоненко, Сафончиков и, наконец, Сафоненковы.

Словообразовательная модель здесь прозрачна. Сначала от имени Сафон образовали отчество Сафоненко (по украинской или южнорусской модели с суффиксом -енко, означающим «маленький», «сын»). А уже от этого отчества, когда потомки перебрались севернее или в великорусские земли, возникла форма с типично русским суффиксом -ов: Сафоненков. Такой «двойной» суффикс — верный признак того, что фамилия формировалась на стыке культурных традиций, вероятно, на территории современной Украины, Беларуси или южных областей России, откуда род мог мигрировать.

Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно: процесс становления родовых имен в этой местности растянулся на несколько столетий и завершился в основном к XVIII–XIX векам. Однако сам факт, что фамилия сохранила редкую двухступенчатую форму, говорит о давности рода и устойчивости семейных преданий. Носители фамилии Сафоненковы — наследники древнего библейского имени, которое через века пронесло память о защите и покровительстве высших сил.