Фамилия Сафонеев образована от просторечного имени Сафоней, которое служит народной формой канонического церковного имени Софонтий или Софония. В переводе с древнееврейского это имя означает «Бог скрыл» или «Бог защитил». Такое имя давали ребёнку, желая подчеркнуть, что он находится под покровительством высших сил.

Суффикс -еев в фамилии указывает на отчество: Сафонеев буквально значит «сын Сафонея». Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда потомки человека по имени Сафоней закрепляли за своим родом это отчество. Интересно, что при церковном имени Софонтий в быту чаще использовали именно упрощённый вариант Сафоней — так имя звучало естественнее в разговорной речи.

Встречаются и родственные фамилии, образованные от тех же основ: Сафонтьев, Сафонов, Софонтьев. Разница в написании отражает, какой именно вариант имени закрепился в конкретной семье. Сафонеев — самая редкая из них, поскольку форма Сафоней была менее распространена, чем Сафон или Софонтий.

Носители фамилии встречаются преимущественно в центральных и северных регионах России, где имя Софония было особенно почитаемо. В документах XVII века можно найти упоминания крестьян и посадских людей с такой фамилией, что говорит о её давнем бытовании в непривилегированных сословиях. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.

Сегодня фамилия Сафонеев сохраняет связь с древним библейским именем, и каждый её носитель может проследить свою родословную до человека, которого в старину называли Сафонеем.