Фамилия Сафонеев происходит от просторечной формы Сафоней, которую в обиходе использовали вместо канонического церковного имени Софонтий. Само имя Софонтий — это русская огласовка древнееврейского Софония, что переводится как «Бог скрыл» или «Бог защитил». Так что в основе фамилии лежит не прозвище и не ремесло, а личное имя, которое давали при крещении.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: к основе на -ей добавляется патронимический суффикс -ев, указывающий на отчество. То есть Сафонеев буквально означает «сын Сафонея». Такой тип фамилий массово складывался в XV–XVII веках, когда дети и внуки человека по имени Сафоней начинали передавать это отчество дальше, уже как родовое прозвание.

Интересно, что имя Софонтий в народной среде дало целый веер форм: Сафон, Сафоний, Сафоней. От каждой из них пошли самостоятельные фамилии — Сафонов, Сафониев, Сафонеев. При этом Сафонеев встречается заметно реже, чем Сафонов, что делает её более локальной и конкретной. Возможно, это указывает на происхождение рода из местности, где прижился именно вариант Сафоней, но точную географию сейчас установить трудно — процесс закрепления фамилий шёл неравномерно и растянулся на столетия.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия сохранила редкий для современного слуха суффиксальный вариант, который не стёрся в более ходовой «Сафонов». Это делает её любопытным памятником живой народной традиции именования, где церковное имя перекраивалось на русский лад и давало начало самостоятельным родам.