Фамилия Сафоненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Софонтий. Имя Сафон является просторечным вариантом канонического имени Софонтий (Софония), которое в переводе с древнееврейского означает «Бог скрыл (защитил)». Поэтому Сафоненко буквально понималось как «сын Сафона».