Фамилия Сафонихин — яркий пример того, как русская фамилия может быть построена на редкой модели. В ней использован суффикс -ихин, а не привычные -ов или -ин. Это сразу указывает на северный или северо-восточный след: фамилии на -их, -ых (Сафониха, Сафонихин) типичны для Архангельской, Вологодской, Вятской губерний, а также для Урала и Сибири, куда переселенцы принесли эту традицию.

В основе фамилии лежит имя Сафон, просторечная форма крестильного имени Софон (от древнееврейского Софония — «Господь сокрыл» или «Господь защитил»). В русских говорах имя Софон часто превращалось в Сафон, а затем и в Сафоний. Отсюда и пошла фамилия: сначала человека в деревне прозвали Сафониха — «жена Сафона» или «семья Сафона», а затем их дети записывались уже как Сафонихины. То есть фамилия не от отца, а от матери или от названия двора, что характерно для северных «уличных» фамилий.

Встречается также написание Сафонихин, а не Сафони́хин (с ударением на третий слог), что подтверждает северную природу: в тех местах ударение часто падает на корень. Родственные фамилии — Сафонов, Сафонкин, Сафошин, но Сафонихин стоит особняком: она не просто «сын Сафона», а «из рода Сафонихи», что говорит о сильной роли женщины в крестьянской общине или о прозвищном происхождении фамилии по дому.

Сословно Сафонихины, скорее всего, были государственными или дворцовыми крестьянами, реже — однодворцами. Дворян среди носителей этой фамилии почти не встречается, так как суффикс -ихин редко проникал в официальные родословные книги.

Однозначного ответа, от какого именно имени — Софон или Сафон — пошла фамилия, нет, но лингвистически правдоподобнее версия с «акающим» произношением: в северных говорах имя Софон (с ударным «о») могли произносить как Сафон (с «а»), а затем закрепили в письменном виде. Так что Сафонихин — не просто фамилия, а метка географического и социального происхождения: скорее всего, предки жили в глухой деревне на севере России и носили прозвище по двору, а не по отцу.