Фамилия Сафоновский — один из тех случаев, когда географическая привязка видна сразу, а вот с основой всё сложнее. Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но чаще — на то, что предок владел землёй или жил в местечке с похожим названием. В польской и западнорусской традиции такие фамилии давали по названию имения или населённого пункта, и Сафоновский здесь не исключение.

Сам топоним, скорее всего, связан с личным именем Сафон, которое в народной речи бытовало как вариант крестильного имени Софония (от древнееврейского «Бог укрыл»). В русских говорах Сафоном могли называть и человека с «сафьянным», то есть мягким, бархатистым голосом, но это уже народная этимология, а не строгая ономастика. Таким образом, Сафоновский — это «выходец из Сафонова» или «принадлежащий к роду Сафоновых».

Интересно, что в отличие от массовой фамилии Сафонов, образованной простым суффиксом -ов, форма на -ский встречается гораздо реже. Она могла принадлежать не просто крестьянину или ремесленнику, а человеку, получившему фамилию по месту службы или владения — например, мелкому помещику или священнику, которого записали по селу Сафоновское. Такие села есть в центральной России, но особенно много их на территории бывшей Речи Посполитой — в современной Беларуси и на западе Украины.

В церковной среде фамилия тоже прижилась: семинаристам часто давали фамилии по названиям храмов или сёл, где служил отец. Сафоновский мог появиться у ученика духовного училища, если его родное село стояло на реке Сафонке или носило имя в честь святого Софония. Споров о происхождении почти нет — версия с географическим названием и именем Сафон считается основной.