Фамилия Сафонеева — редкий пример того, как просторечная форма церковного имени закрепилась в родовом прозвании. В её основе лежит имя Сафоней, которое возникло как народный, разговорный вариант канонического имени Софонтий (или Софония). Само имя пришло из древнееврейского языка и означает «Бог скрыл (защитил)». То есть изначально имя несло пожелание божественной защиты своему носителю.

Образование фамилии шло по классической для русских фамилий модели: к основе Сафоней добавили притяжательный суффикс -ев, который указывал на принадлежность роду. Вопрос «чей ты?» получал ответ «Сафонеев», то есть сын, внук или потомок Сафонея. Женская форма Сафонеева закрепилась за представительницами этого рода, как это часто происходило с фамилиями на согласный.

Интересно, что имя Софонтий в народной среде давало множество производных форм. Помимо Сафонея, бытовали варианты Сафон, Сафоний, Софон. От каждого из них могли образоваться самостоятельные фамилии: Сафонов, Сафонин, Софонтьев. Фамилия Сафонеева выделяется на их фоне именно редким суффиксом и сохранением полной народной формы имени, что делает её более архаичной и ценной для генеалогического поиска.

Человек, носивший имя Сафоней, вряд ли принадлежал к высшим сословиям — просторечные варианты канонических имён чаще встречались в крестьянской, посадской или казачьей среде. Однако точных исторических сведений о конкретных родах Сафонеевых мало. Можно предположить, что фамилия бытовала в центральных и южных губерниях России, где имя Софонтий было более употребительным, но утверждать это без опоры на архивные данные нельзя.

Сама фамилия звучит несколько непривычно для современного уха, но именно эта непривычность хранит память о живом народном языке, который смело перекраивал церковные имена на свой лад. Потомок Сафонея может с полным правом считать, что его предки носили имя с глубоким смыслом — о защите и покровительстве свыше.