Фамилия Сафанеева — женская форма фамилии Сафанеев. В основе лежит имя или прозвище, которое могло иметь как тюркское, так и русское диалектное происхождение. Начнем с самого вероятного варианта.

Самое правдоподобное объяснение — от мужского имени Сафан. Это краткая форма крестильного имени Сафоний (церковное Софоний, от древнееврейского «сокрытый Богом»). В русских говорах имя Сафон, Сафан было распространено, и от него образовали фамилию Сафанов, а от неё — Сафанеев. Суффикс -еев здесь указывает на патроним: Сафанеев буквально значит «сын Сафана». Такая модель образования (Сафан → Сафанов → Сафанеев) встречается в русских фамилиях как вариант «внучьей» формы.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная в Поволжье или на Урале, — от тюркского имени Сафан. У татар и башкир имя Сафан (Сафан) может быть связано с арабским «сафа» — «чистый, ясный». Если предок был крещеным татарином или башкиром, фамилия могла сохранить тюркское звучание. Однако суффикс -еев скорее выдает русскую, а не татарскую модель (в татарских фамилиях чаще -ов/-ев без двойного суффикса).

Третья версия — от прозвища Сафан или Сафаней. В русских говорах «сафан» могло означать «сапожник» (от «сафьян» — тонкая кожа). Тогда фамилия указывала на ремесло: Сафанеевы — потомки сапожника, работавшего с дорогой кожей. Но это предположение остается гипотезой, так как «сафан» в значении «сапожник» не зафиксировано в словарях как устойчивое прозвище.

Фамилия редкая, встречается в основном в центральных регионах России и в Татарстане. Носительницы Сафанеевы могли быть потомками крестьян, мещан или духовенства — точных данных о сословной принадлежности нет. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Сафане́ева.