Фамилия Сафандеева — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка связано с географическим названием, а не с личным именем или профессией. Основа «Сафандей» или «Сафандеев» указывает на тюркский корень, но не на татарский или башкирский, а скорее на иранский или кавказский субстрат. Скорее всего, в основе лежит иранское мужское имя Сафандей (Сафан-дей), где первая часть — «саф» (чистый, ясный), а вторая — «дей» (бог, господин, ср. с авестийским daeva или тюркским дей в значении «дядя»). В таком случае имя означает «чистый господин» или «ясный бог».

Однако более правдоподобная версия — топонимическая. На Кавказе, особенно в Дагестане и Азербайджане, встречаются селения с похожими названиями: Сафандей, Сафанде, Сафанда. Жителя такого села называли сафандеец, а его потомка — Сафандеев. Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ев, что типично для фамилий, возникших у народов, вошедших в состав Российской империи и получивших русские окончания. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или й: Сафандей → Сафандеев.

Есть и третья, менее вероятная гипотеза: от арабского имени Сафан (господин, покровитель) с добавлением тюркского компонента «дей». Но в таком случае фамилия скорее писалась бы как Сафанов или Сафанеев. Встречаемость фамилии в современных базах данных очень низкая, что подтверждает её локальный характер — скорее всего, её носители сосредоточены в одном регионе, предположительно в Дагестане или среди горских евреев (татов), у которых иранские имена и фамилии на -ев — обычное дело.

Таким образом, человек с фамилией Сафандеева, скорее всего, имеет предков из горного села на Северном Кавказе или из Закавказья, а само прозвище предка означало «выходец из Сафандея».