Фамилия Сафонькина образована от имени Сафонька — просторечной, обиходной формы канонического имени Софонтий (в церковной традиции — Софония). В переводе с древнееврейского это имя означает «Бог скрыл (защитил)». Так что человек по имени Сафонька, а точнее его потомки, со временем и получили фамилию Сафонькин.

Разберем словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сафонькин буквально значит «сын Сафоньки», «ребенок Сафоньки». Это типичная притяжательная модель для русских фамилий, образованных от имен, оканчивающихся на -а или -я. Рядом стоят однокоренные фамилии: Сафонкин, Сафонтьев, Сафонов. Последняя, кстати, гораздо более распространена, а вот форма с мягким знаком и суффиксом -ин встречается реже и звучит по-особенному, сохраняя память о том самом уменьшительном имени.

Само имя Софонтий в древнерусской традиции не было редкостью, но и не принадлежало к самым ходовым. Чаще его давали при крещении, а в быту использовали как раз такие просторечные варианты, как Сафонька. Поэтому фамилия Сафонькина — это не про профессию или прозвище, а чисто «именная» фамилия, рассказывающая о предке, которого домашние звали именно так. Вероятнее всего, она закрепилась где-то в центральной или южной России, где имя Софонтий было более привычным, чем на севере. Сословных ограничений у такой фамилии не было: ее мог носить и крестьянин, и мещанин, и служивый человек.

Отдельно стоит сказать о написании. Форма Сафонькина с мягким знаком — это женский вариант фамилии, который в русском языке склоняется по правилам притяжательных прилагательных. В мужском варианте — Сафонькин. Если встречается написание через «а» в окончании, это просто указание на женщину, а не отдельная фамилия.