Фамилия Сафонкин восходит к старинному русскому имени Сафонка — производной форме крестильного имени Софоний. В переводе с греческого оно означает «господь защищает». Носителя этого имени легко представить в церковной среде: Софония — один из библейских пророков, живший в царствование иудейского царя Иосии в VII веке до н. э. Его книга — это грозное предсказание катастрофы Иудейского царства и призыв к покаянию, что и составляет её главное содержание.

Само имя Софоний на русской почве быстро обрастало просторечными формами: Софон, Софонка, Сафонка. Именно от последней, с уменьшительно-ласкательным суффиксом -к-, и пошла фамилия. Словообразовательная модель проста: имя Сафонка + притяжательный суффикс -ин, который отвечал на вопрос «чей?» и означал «сын Сафонки», «ребёнок Сафонки». Такой тип фамилий был массовым в XVI–XVII веках, особенно в крестьянской и посадской среде, где полное церковное имя часто заменяли домашним прозвищем.

Интересно, что фамилия Сафонкин не единственная в этом гнезде. От того же корня образовались Сафонов, Сафончиков, Сафошкин, а также более редкие Софонов и Софонкин. Разнобой в написании объясняется просто: в документах той поры не было строгой орфографии, и писцы записывали имя на слух — то с «а», то с «о». Поэтому Сафонкин и Софонкин — это, по сути, одна фамилия, разделившаяся из-за особенностей местного произношения и аканья, распространённого в центральных и южных русских говорах.

Сам пророк Софония, чьё имя легло в основу, жил в эпоху, когда Иудейское царство уже стояло на пороге гибели. Его проповедь — это не только предсказание беды, но и настойчивый призыв к нравственному очищению. Вряд ли простые русские люди, называя сына Сафонкой, задумывались о таких тонкостях библейской истории. Для них это было просто красивое, «божественное» имя, которое давало ребёнку надежду на защиту свыше — ровно то, что обещает его греческая этимология.

Таким образом, потомок человека по имени Сафонка со временем получил фамилию Сафонкин. Она сохранила в себе и память о древнем пророке, и живую народную традицию переделывать сложные церковные имена на свой лад. Сегодня эта фамилия встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, что вполне согласуется с историей расселения крестьян, среди которых такие «сыновьи» фамилии на -ин были особенно типичны.