Фамилия Сафонков — типичный пример русской фамилии, образованной от канонического имени через суффикс принадлежности. В её основе лежит крестильное имя Софоний (от древнееврейского «Цефания» — «Господь укрыл» или «сокрытый Богом»). В русском быту это имя часто произносили как Сафон, с заменой начального «с» на «а» под влиянием акающих говоров и с упрощением «фоний» до «фон». От формы Сафон и возникла фамилия Сафонков, где суффикс -ков указывает на прямое родство: «чей?» — Сафонков, то есть сын или потомок Сафона.

Модель образования здесь не самая частая. Большинство русских фамилий от имён на -ий (типа Софоний) дают форму Софонов или Софонтьев. Сафонков же использует редкий суффикс -ков, который обычно присоединяли к основам на -о или -а (Петров, Ивашков). Это говорит о том, что имя Сафон в народе осмыслялось как полное, а не уменьшительное, и фамилию строили по той же схеме, что и от имён вроде Фрол, Пахом или Ермол.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям — Орловщине, Тульской, Рязанской землям, где аканье было нормой. Встречается она и на Дону, куда её могли принести служилые люди или крестьяне, переселявшиеся на вольные земли. Встретить вариант Сафонков в северных говорах маловероятно — там скорее бы закрепилась форма Сафонов.

В сословном смысле Сафонковы — почти всегда крестьяне или однодворцы. Фамилии на -ков в XVIII–XIX веках редко встречались у дворян, которые предпочитали более «благородные» -ов или -ский. Поэтому предки современных носителей фамилии, скорее всего, были землепашцами или мелкими служилыми людьми по прибору, чьи имена записывали в ревизские сказки именно в такой простонародной огласовке.