Фамилия Сафонькин образована от просторечного имени Сафонька — одной из народных форм канонического имени Софонтий (в библейской традиции — Софония). В переводе с древнееврейского это имя означает «Бог скрыл» или «Бог защитил». Так что потомок человека по имени Сафонька со временем и получил фамилию Сафонькин.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для русских фамилий: к основе Сафоньк- добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Буквально Сафонькин — это «сын Сафоньки», «тот, кто из рода Сафонькиных». Подобная схема встречается у множества фамилий, образованных от имён с уменьшительным суффиксом -к-: Васькин, Петькин, Гринькин. Суффикс -ин, а не -ов, как правило, использовался, если основа оканчивалась на согласный или мягкий знак, и в народной среде такие формы были особенно распространены.

Само имя Софонтий в русских говорах дало немало производных: Сафон, Сафоний, Сафонька, Сафоныч. Отсюда же пошли и однокоренные фамилии — Сафонов, Сафонцев, Сафошкин. Любопытно, что в некоторых регионах имя Сафон воспринимали как самостоятельное, а не как сокращение, поэтому фамилия Сафонькин могла возникать и напрямую от разговорного Сафонька, без обращения к церковной форме.

Стоит заметить, что в старину имя Софонтий не было редкостью, особенно среди крестьян и посадских людей. Его носили и простые земледельцы, и ремесленники, и служилые люди. Фамилия же, закрепившись в XV–XVII веках, когда у крестьян начали появляться наследственные прозвания, указывала на конкретного родоначальника — человека по имени Сафонька. О его роде занятий или социальном положении по фамилии судить сложно: она говорит лишь об имени, а не о профессии, хотя носители её встречались по всей центральной России, особенно в поволжских и южнорусских губерниях.

География фамилии сегодня широкая, но наибольшая плотность Сафонькиных традиционно отмечается в областях, где активно бытовали говоры с аканьем и формами имён на -к-: это Тамбовская, Рязанская, Пензенская, а также Воронежская губернии. В письменных источниках фамилия фиксируется с XVIII века, например, в исповедных росписях и ревизских сказках встречаются крестьяне Сафонькины, но конкретные даты и имена первых носителей в открытых документах прослеживаются с трудом.

Итог прост: Сафонькин — фамилия-отчество, рождённая из живого народного имени, и в ней сохранилась память о человеке, которого когда-то звали Сафонькой, то есть «защищённым Богом».