Фамилия Сафонькин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Сафонькин послужило церковное имя Софонтий. Имя Сафонька является просторечным вариантом канонического имени Софонтий (Софония), которое в переводе с древнееврейского означает «Бог скрыл (защитил)». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сафонька, со временем получил фамилию Сафонькин. О точном месте и времени возникновения фамилии Сафонькин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Сафонькин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.