Фамилия Сафошкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии послужило церковное имя Софоний, а точнее — его просторечная форма Сафошка, которая и закрепилась в повседневном обиходе.

Имя Софоний (в церковной традиции также Софонтий, Софония) пришло из древнееврейского языка и означает «Бог скрыл (защитил)». Это имя носил один из библейских пророков, поэтому на Руси его охотно давали детям: считалось, что имя святого или мученика обеспечит человеку благую и светлую жизнь. Уменьшительная форма Сафошка возникла естественным путём: для русского языка типично «упрощать» непривычные церковные имена в быту, заменяя их более лёгкими для произношения вариантами. Подобные формы давали начало множеству фамилий: от Сафошка — Сафошкин, как от Тимошка — Тимошкин, от Фомка — Фомкин.

Судя по модели образования, основатель рода Сафошкиных был человеком из простого сословия. Фамилии на -ин в русской традиции чаще всего закреплялись за крестьянами, ремесленниками и посадскими людьми, тогда как дворянские роды чаще использовали формы на -ов или -ский. Потомок человека по имени Сафошка со временем получил фамилию Сафошкин, что буквально означает «сын Сафошки».

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а письменные источники фиксируют такие фамилии неравномерно. Однако можно предположить, что фамилия имеет севернорусские или поволжские корни — именно там формы на -ин и уменьшительные имена с суффиксом -ш- встречались особенно часто. В некоторых говорах имя Софонтий произносили как Сафон, отсюда же пошли родственные фамилии Сафонов, Сафонкин, Сафошин — все они восходят к одному имени, но разошлись по разным ветвям.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Сафошкин — замечательный памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила в себе живую народную форму библейского имени, которая уже не встречается в современном именослове, но продолжает звучать в фамилиях, напоминая о том, как церковная традиция переплеталась с повседневной речью простых людей.