Фамилия Сафронкина — русская, женская форма фамилии Сафронкин. В основе лежит имя Сафронка — народная, разговорная форма канонического крестильного имени Софроний. Имя это греческого происхождения, от слова sophron — «здравомыслящий», «благоразумный». В святцах оно числится, и в крестьянской среде было распространено довольно широко, особенно в центральных и северных губерниях. Уменьшительно-ласкательный суффикс -к- в имени Сафронка указывает на то, что так называли ребёнка или близкого человека в семье.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин: от основы на -а, -я. Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность: «чей сын?» — Сафронкин, то есть сын Сафронки. Такая схема типична для русских фамилий, возникших в XVI–XVII веках, когда патроним (отчество) закреплялся за потомками как наследственное прозвище. Интересно, что в этом варианте мы видим не прямой переход от полного имени Софроний, а именно от обиходной формы — это говорит о бытовом, неофициальном происхождении фамилии.

В написании возможна путаница с фамилией Сафронов — той же основы, но с другим суффиксом (-ов вместо -ин). Разница простая: Сафронов образован от формы Сафрон (без уменьшительного суффикса), а Сафронкин — от Сафронка. То есть носители фамилии Сафронкин — потомки человека, которого в обиходе называли именно ласкательно, а не полным именем. Такие «двойники» встречаются нередко и показывают, насколько вариативным было народное имяобразование.

Географически фамилия Сафронкина не имеет ярко выраженной привязки к одному региону, но чаще встречается в документах по Тверской, Ярославской и Вологодской областям — как раз там, где имя Софроний было особенно популярно в XVII–XIX веках. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: дворянские роды предпочитали более «книжные» формы вроде Софроновых.