Фамилия Сафохина образована от производной формы старинного крестильного имени Софоний. В народной среде это имя звучало как Софон, Сафон, а уменьшительно-ласкательная форма Сафоха и легла в основу фамилии. Само имя Софоний имеет древнееврейские корни и переводится как «Господь защищает» или «Бог сокрыл». Покровителем имени считается библейский пророк Софоний, один из двенадцати малых пророков, день памяти которого православная церковь отмечает 16 декабря.

Модель образования здесь простая и характерная для русских фамилий: к основе Сафох- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально фамилия отвечала на вопрос «чей?» и означала «сын Сафохи», «ребенок Сафохи». Суффикс -ин в русской ономастике традиционно присоединялся к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный, тогда как -ов использовался после твердых согласных. Поэтому от Сафохи закономерно появилась именно Сафохина, а не Сафохов.

Имя Софоний в старину было весьма популярным, особенно среди простого люда. Крестильные имена часто сокращали до коротких обиходных форм, которые затем закреплялись за потомками. Судя по фонетическому облику фамилии — без книжных церковнославянских черт, с просторечным смягчением — основатель рода Сафохиных, скорее всего, происходил из рабочей или крестьянской среды. В дворянской среде чаще использовали полные формы имени, а вот в деревнях и посадах приживались именно такие «домашние» варианты.

Родственные фамилии — Сафонов, Сафонин, Сафонкин, Софонов — образованы от тех же корней, но Сафохина выделяется на их фоне более редким суффиксом. Если Сафонов встречается повсеместно, то Сафохин — вариант заметно более локальный, что говорит о формировании рода в конкретной местности, где имя Сафоха было в ходу.