Фамилия Сафохин образована от простонародной формы крестильного имени Софоний — Сафоха. В старину это имя было весьма популярным, а его древнееврейская основа означает «господь защищает». Церковная форма имени звучала как Софоний, в народном обиходе она сократилась до Софона или Сафона, а ласкательная форма Сафоха и дала начало фамилии. Потомок человека по имени Сафоха со временем получал прозвание Сафохин, то есть «сын Сафохи».

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я, указывая на принадлежность роду. Такой тип фамилий чаще встречался в северных и центральных русских говорах, где имена в уменьшительной форме были особенно распространены в быту. Интересно, что имя Софоний в полной форме встречалось в основном в церковной среде, тогда как в крестьянской и посадской среде почти всегда использовались краткие варианты — Софон, Сафон, Сафоха.

Сама фамилия Сафохин не относится к числу самых частых, но она органично вписывается в ряд однокоренных фамилий: Сафонов, Сафонин, Сафонкин, Сафошин. Все они восходят к одному имени, но различаются по тому, какая именно форма легла в основу. Сафохин — редкий вариант, сохранивший именно ласкательный оттенок: так могли называть младшего в семье или любимого сына.

В документах XVI–XVII веков встречаются упоминания крестьян и посадских людей с именем Сафоха, что подтверждает: фамилия возникла в среде простого народа, а не в дворянских кругах. Со временем, когда фамилии закрепились, потомки Сафохи передавали её по наследству, и сегодня она бытует в разных регионах России, чаще всего в Поволжье и на Урале, куда переселялись крестьяне из центральных уездов.