Фамилия Санкибаев — редкая и неочевидная для носителя русского языка. Её основа — не славянская, а тюркская, что сразу подсказывает верное направление поиска. Скорее всего, в основе лежит мужское личное имя Санкибай или Санкыбай. В тюркских языках, особенно в казахском, башкирском, татарском, компонент «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин» и часто входил в состав имён как пожелание достатка и высокого положения.

Первая часть имени — «санки» или «санкы» — может восходить к слову «сан» (число, почёт, слава, достоинство) или к глаголу «сану» (считать, почитать). Таким образом, Санкибай — это имя со значением «почитаемый богач» или «славный господин». Встречается и более прозаичная версия: «санки» как производное от «санкы» — вид птицы или прозвище человека с птичьей статью, но это менее вероятно.

Фамилия образована по продуктивной для тюркских народов модели: к имени-основе добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Это типичный случай русификации фамилии в XIX–XX веках, когда при записи в метрические книги или паспорта окончание подгоняли под русскую грамматику. Первоначальная форма, скорее всего, звучала как Санкибайулы (сын Санкибая) или просто Санкибаев.

Географически фамилия тяготеет к регионам Казахстана, Башкортостана и Оренбургской области. Встречается она нечасто, что говорит или о локальном распространении рода, или о том, что фамилия возникла поздно в результате записи по отчеству. Попытки найти славянский корень (от «санки» — салазки) ошибочны: слово «санки» в русском языке не дало бы фамилии с суффиксом -ибаев, а модель образования здесь совсем иная.