Фамилия Санкибаева — женская форма фамилии Санкибаев, и её происхождение связано с тюркскими языками, скорее всего, с казахской или башкирской средой. Основа фамилии — личное имя Санкибай, которое состоит из двух частей: «сан» и «кибай». Первая часть, «сан», в тюркских языках может означать «число», «почёт», «слава» или выступать как часть сложных имён со значением «подобный», «равный». Вторая часть, «кибай», — это вариант распространённого тюркского имени Кыбай или Кибай, где «кыба» (или «киба») восходит к древнетюркскому «кыбат» — «счастье», «удача», «благодать», а «-бай» — титул «богатый», «хозяин», «господин». Таким образом, имя Санкибай можно истолковать как «славный богач» или «подобный счастливому господину».

Модель образования фамилии типична для русской адаптации тюркских имён: к основе Санкибай добавили русский суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного), а женская форма получила окончание -а. Такая схема массово закрепилась в XIX–XX веках, когда в Российской империи у тюркских народов появились фамилии по русскому образцу. Суффикс -ев указывает на то, что фамилия принадлежит потомку человека по имени Санкибай.

Географически фамилия Санкибаева встречается преимущественно в регионах с тюркским населением: в Казахстане, Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях России. В документах XVII–XIX веков имя Санкибай фиксировалось среди казахов и башкир как личное, но в качестве фамилии оно оформилось позже, в период переписей и паспортизации. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Санкибай не входило в число самых популярных тюркских имён, а значит, и число носителей фамилии невелико.

Санкибаева — это отчество в третьем поколении, превращённое в родовое имя. Предки современного носителя фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами в кочевых или полукочевых общинах, а само имя Санкибай могло достаться родоначальнику как пожелание богатства и удачи. Никаких альтернативных версий (например, от русского слова «санки») не существует: такое толкование лингвистически несостоятельно, так как суффикс -бай не свойственен славянским языкам.