Фамилия Сапожакина — редкий случай, когда основа говорит сама за себя, но суффикс способен запутать. Корень здесь — «сапожак», а не «сапог». «Сапожак» в русских говорах (особенно южных и западных) — то же, что и сапожник, то есть мастер, шьющий сапоги и другую кожаную обувь. Форма с суффиксом -ак (как рыбак, земляк) давала слову оттенок просторечия или принадлежности к определённому диалекту. Человек, которого прозвали Сапожаком, был не просто сапожником, а, возможно, известным на всю округу мастером, либо прозвище закрепилось за ним в насмешку или для краткости.

Модель образования фамилии — от прозвища Сапожак через притяжательный суффикс -ин. В русской ономастике суффикс -ин присоединяли к основам на -а, -я. Таким образом, Сапожакин — буквально «сын Сапожака» или «человек из семьи Сапожака». Женская форма Сапожакина — естественное склонение по падежам, указывающее на жену или дочь Сапожакина.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где «сапожак» было ходовым словом: это южнорусские области (Курская, Орловская, Воронежская губернии) и, возможно, территории современной Украины и Беларуси, где подобные прозвища были особенно распространены из-за развитого сапожного ремесла. В отличие от фамилий на -ов (Сапожников), форма на -ин встречается реже и говорит о более личном, прозвищном происхождении, а не о записи по профессии отца в официальных документах.

Сословные перегородки здесь невысоки: Сапожакины, скорее всего, вышли из крестьян или мещан. Ремесло сапожника не было престижным, но давало стабильный заработок, и прозвище могло передаваться, даже если потомки давно бросили шить обувь. Ударение, по аналогии с фамилиями от основ на -ак, вероятно, падает на последний слог: Сапожа́кин.