Фамилия Сапожонкова — женская форма, образованная от мужской Сапожонков, которая относится к группе русских фамилий, связанных с ремёслами. В основе лежит слово «сапожонок» — так в диалектах и в просторечии называли либо маленький сапог, либо подмастерье сапожника, подростка, помогающего мастеру. Суффикс -онок/-ёнок в русском языке традиционно обозначал детёныша или мальчика: волчонок, пастушонок, сапожонок. Со временем такое прозвище могло закрепиться за сыном сапожника, а затем перейти в фамилию.

Модель образования Сапожонков — типичная для северных и центральных областей России, где суффикс -ов присоединялся к основе на -онок. В отличие от фамилий типа Сапожников (от «сапожник»), Сапожонков подчёркивает не само ремесло, а возраст или статус: «чей?» — сын Сапожонка, то есть сын молодого сапожника или ученика. Встречаются также варианты Сапожёнков и Сапожонков — с ударением на второй слог, что характерно для говоров Рязанской, Тамбовской и Воронежской областей.

Интересная деталь: фамилия Сапожонкова фиксируется в переписных книгах XVII–XVIII веков, но не в крупных городах, а в слободах и сёлах, где сапожное дело было одним из главных промыслов. В архивных записях по Калужской и Тульской губерниям встречаются «Сапожонковы» — крестьяне и посадские, причём фамилия нередко писалась через «а»: Сапажонков, что отражает акающее произношение. Со временем написание выровнялось, но в некоторых родословных до сих пор сохраняется двойное ударение: Сапожо́нков и Сапожонко́в.

С точки зрения сословной принадлежности, Сапожонковы почти всегда были из крестьян или мещан, редко — из купцов. Фамилия не имеет дворянских ветвей, что подтверждает её «ремесленное» происхождение. Сегодня носительницы фамилии Сапожонкова чаще всего живут в центральной России, особенно в Липецкой, Воронежской и Рязанской областях, а также на Урале, куда фамилия попала с переселенцами в XIX веке.