Фамилия Сапуненкова — женская форма фамилии Сапуненков. В русской ономастике такие пары образуются стандартно: отцовская или мужская фамилия на -ов меняет окончание на -а. Поэтому, чтобы понять значение, нужно разобрать мужской вариант — Сапуненков.

В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Сапун. В русских говорах «сапун» — это тот, кто сопит, тяжело дышит, или просто человек с заметным носом (от глагола «сапеть»). Такие прозвища по физиологической особенности давали охотно: они были яркими и запоминающимися. Слово «сапун» фиксируется в словарях народных говоров, в частности, в материалах по смоленским и псковским диалектам. Менее вероятная версия — связь с названием растения «сапун» (вид травы), но прозвищное происхождение от особенности дыхания или внешности встречается чаще.

Суффикс -енк- в фамилии Сапуненков указывает на западнорусское или украинское происхождение. В русской ономастике фамилии на -енко типичны для Украины, а на -енков — для пограничных областей России, где украинское влияние смешалось с русской моделью образования. Суффикс -ов добавляет значение принадлежности: «сын Сапуненка», где Сапуненко — это уменьшительная или сыновья форма от Сапун. То есть Сапуненков буквально означает «внук Сапуна» или «сын того, кого звали Сапуненко».

Таким образом, предок носительницы фамилии был человеком, получившим прозвище Сапун, вероятно, за манеру сопеть или из-за формы носа. Фамилия закрепилась в формате с двойным суффиксом, что характерно для районов, где пересекались великорусская и малороссийская традиции именования — например, в Курской, Воронежской, Смоленской губерниях. В современных справочниках фамилия Сапуненков встречается редко, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, она не разошлась широко за пределы конкретной области или даже одного села.