Фамилия Сапуненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской ономастике, изначально был уменьшительным и означал «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в основе. То есть Сапуненко — это «сын Сапуна» или «потомок Сапуна».

Основа фамилии — прозвище Сапун. В русских и украинских говорах так называли человека, который часто сопит, тяжело дышит или шумно сморкается. Слово «сап» (от глагола «сапать») означало сопение, хрипоту, насморк. В словаре Даля «сапун» — это сопливый или тот, кто сапом говорит, то есть хрипло. Прозвище могло быть дано за характерную манеру дыхания, за привычку сопеть во сне или за хронический насморк.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В южнорусских и украинских говорах «сап» также называли болезнь лошадей — сап. Хотя такое прозвище звучит нелестно, в народной среде его могли дать в качестве охранительного имени, чтобы отвести от ребёнка настоящую болезнь. Однако первая версия — от физиологической особенности — встречается в источниках чаще и выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия Сапуненко тяготеет к восточной и центральной Украине, особенно к Полтавщине, Сумщине и Черниговщине. В России она встречается реже и часто является результатом переселения украинских крестьян или казаков в XVIII–XIX веках, особенно на Кубань, Дон и в Поволжье. По сословной принадлежности предки Сапуненко почти наверняка были крестьянами или казаками — фамилии на -енко в массе своей не дворянские, а народные.

Сравните с однокоренными фамилиями: Сапунов (русская модель, «чей-то сопящий») и Сапун (прозвище без суффикса). Сапуненко отличается именно указанием на родство — это не просто «Сапун», а «тот, кто из рода Сапуна». Такая модель в украинской традиции часто вытесняла исходное прозвище, становясь наследственной фамилией целого рода.