По одной из версий, фамилия Сапунов образована от крестильного мужского имени Софоний (в переводе с древнееврейского — «спрятанный богом»), а точнее от его краткой формы — Сапун. Согласно другой, более правдоподобной гипотезе, в основе этой фамилии лежит прозвище Сапун. Скорее всего, его получил человек, имевший заболевание легких или дыхательных путей. Однако не исключено, что Сапуном прозвали и трубочиста (от «сапуха» - «сажа»). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Сапун, со временем получил фамилию Сапунов.