Фамилия Саустенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которые в XVII–XVIII веках активно вытесняли старые прозвища и отчества в Поднепровье и Слобожанщине. Суффикс -енко исторически означал «сын» или «потомок», поэтому носитель фамилии — прямой потомок человека по имени или прозвищу Сауст.

Основа Сауст — это, скорее всего, народная, разговорная форма крестильного имени Савватий (в русской традиции — Савватий, в украинской — Сава́тій). В бытовой речи имя могло редуцироваться: Сава́тій → Саву́ст → Сау́ст. Такое стяжение характерно для южных и западных говоров, где безударные гласные режутся, а сочетания вроде «вст» упрощаются. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии Савченко, Савенко и Саустенко встречаются в одних и тех же регионах — Полтавщине, Черкасщине, Харьковщине, что указывает на общий источник.

Менее вероятно, но возможно, что Сауст — это прозвище, связанное с диалектным глаголом «сау́стить» (в некоторых говорах — «шуметь, ссориться», «суетиться»). Тогда Саустенко — потомок суетливого или сварливого человека. Однако письменных фиксаций такого прозвища в исторических источниках мало, а имя Савватий было широко распространено среди казачества и духовенства, так что антропонимическая версия надёжнее.

По сословной принадлежности Саустенки, как правило, относились к казакам или крестьянам. Фамилия недворянская, без суффикса -ский, что указывает на её происхождение из народной среды. В реестрах Запорожского войска и исповедных ведомостях XVIII века подобные фамилии на -енко встречаются сплошь и рядом — это маркер того, что предок был свободным, а не крепостным, или имел статус «войскового обывателя».

Географически фамилия Саустенко компактно живёт в восточной и центральной Украине, а также в прилегающих областях России (Белгородская, Воронежская, Ростовская) — там, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне и казаки. В самой Украине наибольшая плотность — в Полтавской и Сумской областях.

Если сравнивать с однокоренными: Саустенко — более редкий вариант, чем Савченко или Савенко, но его преимущество в том, что он почти не даёт ошибочных прочтений. Разве что иногда путают с фамилией Саустин (русский вариант на -ин от того же корня).