Фамилия Саяфова — женская форма от Саяфов. Основа её почти наверняка тюркская, что сразу сужает круг поиска: носители фамилии, скорее всего, имеют корни в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири или среди татар и башкир. Мужской вариант Саяфов образован по стандартной русской модели притяжательного суффикса -ов, но исходное имя или прозвище — тюркское.

Самая вероятная версия возводит основу к арабскому имени Саяф (Сияф), которое через тюркские языки вошло в обиход у мусульманских народов. В арабском «сайф» означает «меч». Имя Саяф — «меченосец», «воин». Такие имена были распространены в среде казанских татар, мишарей, а также у народов Кавказа, принявших ислам. Фамилия, таким образом, могла возникнуть от имени прямого предка, которого в документах записали как Саяф.

Менее распространённая, но возможная версия — от прозвища, связанного с тюркским словом «сая» (в разных диалектах — «скала», «ущелье» или «тень»). В этом случае Саяфов — потомок человека, жившего у скалы или в тенистом месте. Однако такая гипотеза слабее: фамилии от географических объектов в тюркской среде чаще образуются с другими суффиксами, а -ов — русский патронимический формант, который цепляли именно к личным именам.

Фамилия редкая. В открытых базах данных и телефонных справочниках она встречается точечно, преимущественно в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области. Это подтверждает версию о татарском или башкирском происхождении. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян до служилых татар, но без конкретных генеалогических записей определить точнее невозможно.

Написание с буквой «я» (Саяфов, а не Саифов) — результат адаптации арабского имени через тюркское произношение, где гласный звук стал более широким. В русских документах XIX — начала XX века такая запись закрепилась.