Фамилия Сайболотов — редкий пример, где славянская модель словообразования наложилась на тюркское имя. Основа здесь — мужское личное имя Сайболот, которое бытовало у многих тюркских народов, особенно у киргизов, алтайцев и в Сибири. Оно состоит из двух частей: «сай» (выбирать, отборный, лучший) и «болот» (сталь, булат). Таким образом, Сайболот буквально означает «отборная сталь» или «лучший булат» — имя-пожелание, чтобы мальчик вырос крепким, как высококачественная сталь. Фамильный суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: Сайболотов — сын (или потомок) человека по имени Сайболот.

Географически фамилия привязана к югу Сибири и Алтаю. Согласно доступным данным, большинство носителей Сайболотовых — это алтайцы (тубалары, челканцы) и телеуты. Встречается фамилия и у хакасов. Появление её в русских документах связано с крещением инородцев и фиксацией фамилий по отцу в метрических книгах XIX — начала XX века. В отличие от многих русских фамилий на -ов, здесь нет связи с ремеслом или прозвищем по занятию — это чисто патронимическая фамилия от тюркского имени с героическим смыслом.

Интересна двойная природа фамилии. С одной стороны, она звучит по-русски благодаря окончанию, с другой — корень остался чужеродным для русского уха. Это типичный маркер межэтнического контакта: русская административная система требовала фамилий, и местные жители получали их по имени отца, оформив по господствующей модели. Поэтому Сайболотов — не просто «сын Булата», а фамилия, которая хранит память о степной культуре и о том, как имя-метафора превратилось в родовое прозвание.

Встречаются варианты написания: Сайбулатов, Сайболотнов. Первый вариант — более русифицированная форма, где «болот» заменили на более понятное «булат». Но именно форма Сайболотов точнее передаёт исходное тюркское произношение. Фамилия эта довольно редкая, и её носители, как правило, знают о своих алтайских или телеутских корнях.