Фамилия Сайдубекова — женская форма мужской фамилии Сайдубеков, которая образована от составного тюркского имени Сайдубек. В её основе лежат два компонента: «саид» или «сай» и «бек». Первая часть восходит к арабскому «сайид» (господин, предводитель) — так на Востоке называли потомков пророка Мухаммеда. В тюркских языках эта же часть могла означать «почтенный», «уважаемый». Вторая часть, «бек» (или «бий»), — древний тюркский титул, обозначающий князя, правителя или военачальника. Таким образом, имя Сайдубек буквально значит «господин-бек» или «почтенный бек», а сама фамилия — «принадлежащая потомку Сайдубека».

Суффикс «-ова» указывает на русскую модель образования женских фамилий от мужских, что характерно для народов, долгое время живших в составе Российской империи. Фамилия распространена в Казахстане, Киргизии, Узбекистане, а также среди тюркоязычных народов Северного Кавказа. В русскоязычной среде её могли зафиксировать при переписях населения или паспортизации в советское время, когда многие тюркские фамилии получили стандартное окончание «-ов/-ева».

Интересно, что в некоторых тюркских диалектах «сай» может означать «каменистое русло реки» или «овраг», но в данном случае эта версия менее вероятна: имя Сайдубек — личное, а не топонимическое прозвище. Прямых аналогов среди древнерусских фамилий у Сайдубековой нет, но по словообразовательной модели она близка к фамилиям типа Бекмурзаева или Саидова — то есть к тем, что построены от арабо-тюркских имён с титулом «бек».

Предки носительницы этой фамилии, скорее всего, принадлежали к знатному или военному сословию в кочевых обществах: титул «бек» давали родоплеменным вождям или старшим в роду. Впрочем, к XIX–XX векам этот титул часто становился просто элементом имени, не указывая на реальный социальный статус. Встречается фамилия и у оседлых народов Средней Азии — там её могли носить потомки местных старшин или купцов.