Фамилия Сайгафаровы принадлежит к пласту древнейших восточных фамилий, которые укоренились в русской среде благодаря выходцам из Золотой Орды — печенегам, половцам или более поздним тюркским переселенцам. Корни этой фамилии уходят в XV–XVII века, когда инонациональные имена и прозвища активно проникали в состав русских родовых именований. Тому способствовал и исторический факт: немалая часть российского дворянства имела нерусское происхождение, и фамилии таких родов становились живым свидетельством их родословной.

Основа фамилии — личное имя Сайгафар, которое складывается из двух компонентов. Первый, «сай», восходит к монгольскому «саин» — «хороший, славный». Второй, Гафар, — арабское мужское имя, образованное от слова «гаффар» — «всепрощающий». Так что в целом имя Сайгафар можно перевести как «славный всепрощающий» или «хороший, милосердный». Подобные составные имена, где соединялись тюркские и арабские элементы, были типичны для мусульманской ономастики Поволжья и Приуралья.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к восточному имени добавили русский патронимический суффикс -ов, получив отчество «сын Сайгафара», которое затем закрепилось как фамилия. Сведения о восточном происхождении родоначальника подтверждаются самим именем — оно не могло возникнуть на чисто русской почве и явно указывает на тюркские или арабо-мусульманские истоки семьи.

Географически фамилия Сайгафаровы чаще всего встречается у татар и башкир, а также у других народов Волго-Уральского региона. Это не случайно: именно здесь веками соседствовали и смешивались тюркские, монгольские и славянские традиции именования. В отличие от многих фамилий, которые со временем утрачивают связь с исходным именем, Сайгафаровы сохранили его почти в первозданном виде, что делает фамилию ценным памятником восточной письменности и культуры на русской почве.