Фамилия Сайгафарова — тюркская по происхождению, и её разумнее всего разбирать, двигаясь от конца к началу. Суффикс -ов (в женском роде -а) указывает на типичную для русской культуры модель образования фамилий от отчества: «чей?» — «сын (или дочь) Сайгафара». Значит, в основе лежит мужское личное имя Сайгафар.

Само имя Сайгафар — сложное, арабо-персидское по корням. Первая часть, сайид (или сай), переводится как «господин», «предводитель», «глава» и в мусульманском мире часто указывает на потомков пророка Мухаммеда. Вторая часть — гафар (от арабского аль-Гафур) — один из эпитетов Аллаха, означающий «Всепрощающий», «Прощающий грехи». Таким образом, имя Сайгафар можно истолковать как «господин Всепрощающего» или, в более широком смысле, «тот, кто чтит Всепрощающего». Это теофорное имя, то есть содержащее в себе имя Бога.

Географически фамилия Сайгафарова (и мужской вариант Сайгафаров) наиболее распространена среди татар и башкир. Исходное имя встречается в этих культурах, и фамилия, соответственно, закрепилась в Поволжье и на Урале. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, она пошла от одного родоначальника или из одной компактной группы поселений.

С точки зрения словообразования, это классический пример того, как мусульманское имя, войдя в русскую делопроизводственную традицию (переписи, ревизские сказки), получило славянский патронимический суффикс. Мужская форма Сайгафаров — это буквально «сын Сайгафара», а женская Сайгафарова — «дочь/жена Сайгафара». Никакой профессиональной или прозвищной подоплёки здесь нет: фамилия чисто именная, указывающая на религиозную традицию предков-мусульман.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то у Сайгафаровых есть «родственники» — Гафаровы (от более простой формы имени Гафур) и Сайфуллины (где корень «сай» сочетается с другим эпитетом Аллаха). Однако Сайгафаровы стоят особняком: двойная основа с элементом «сайид» встречается реже, что делает фамилию более узнаваемой и, возможно, указывает на особый статус предка — если он действительно носил почётное именование сайида, это могло передаваться в роду.