Фамилия Сайгинова — женская форма, мужская — Сайгинов. В основе лежит мужское личное имя Сайгин, которое, в свою очередь, образовано от тюркского слова «сайгы» или «сайгын». В разных тюркских языках это слово имеет близкие значения: «почётный», «уважаемый», «избранный» или «достойный». Таким образом, имя Сайгин давали ребёнку с пожеланием почёта и уважения в будущем, а фамилия Сайгинов буквально означает «потомок того, кого звали Сайгин».

Словообразовательная модель у фамилии простая и прозрачная: тюркское имя Сайгин + русский патронимический суффикс -ов. Это типичная схема для фамилий, которые возникали у тюркских народов в составе Российской империи, когда при переходе к фамилиям к имени отца добавляли русское окончание. Носители фамилии Сайгиновы — это, скорее всего, потомки татар, башкир, казахов или представителей других тюркоязычных групп Поволжья и Урала.

Встречается фамилия преимущественно в регионах с большим тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. В некоторых диалектах слово «сайгы» могло означать также «ровный», «гладкий», но версия с «почётным» считается основной, поскольку личные имена с положительной характеристикой — самый частый источник фамилий.

Стоит обратить внимание на ударение: в фамилии Сайгинов оно падает на второй слог — Сайги́нов, хотя в исходном имени Сайгин ударение может плавать в зависимости от местного говора. В написании фамилии путаница редка, но иногда встречается вариант Сайгенов — это искажение под влиянием произношения.