Фамилия Сайкинова — женская форма фамилии Сайкинов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. В основе лежит прозвище или имя Сайка, которое могло быть образовано от глагола «сайкать» — в некоторых русских говорах так называли человека, который часто и громко кричал, звал кого-то, или, наоборот, делал это невнятно, «сайкал». Другая, более вероятная версия связывает основу с тюркскими корнями: в башкирском, татарском и казахском языках слово «сай» означает «мелкий», «неглубокий», а также «выбирать», «отбирать». Прозвище Сайка мог получить человек небольшого роста, либо тот, кто занимался сортировкой, отбором товара, например, на ярмарке или базаре.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на принадлежность: Сайкинов буквально означает «сын Сайки» или «из рода Сайки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, и говорит о том, что предок носителя был известен в своей общине под этим прозвищем. Географически фамилия встречается преимущественно в Поволжье, особенно в Оренбургской, Самарской областях и Башкортостане, что косвенно подтверждает тюркское влияние — именно в этих регионах исторически были сильны контакты с тюркоязычными народами.

Интересно, что фамилия Сайкинов (и Сайкинова) не имеет распространённых однокоренных вариантов вроде Сайкин или Сайков, что говорит о её локальном, «гнездовом» происхождении. В дореволюционных метрических книгах она фиксируется в основном среди крестьян и мещан, а не дворянства, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ. В редких случаях основой могло быть и уменьшительное от имени Исай (Исайка), но это менее вероятно, так как фамилии на -инов от Исая обычно писались бы как Исайкинов.