Фамилия Сайкина образована от мужского имени или прозвища Сайка. Наиболее вероятная версия связывает основу с производной формой крестильного имени Исайя — Сайка. В переводе с древнегреческого это имя означает «спасение Господне». Такое сокращение типично для народной традиции: полные церковные имена в быту ужимали до коротких и удобных форм, которые затем и ложились в основу фамилий.

Скорее всего, основатель рода Сайкиных был человеком из простого сословия. Фамилии на -ин в русской традиции чаще всего возникали в крестьянской и посадской среде, где отчество от обиходного имени отца закреплялось за детьми без особых церемоний. В официальных документах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировали как «Сайкин сын», что со временем превратилось в просто Сайкин.

Существует и альтернативная гипотеза, но она менее правдоподобна. Согласно ей, в основе лежит прозвище Сайка, восходящее к нарицательному «сайка» — так называли белый хлеб крутого замеса. В этом случае прозвище могло достаться булочнику или, в шутку, полному человеку. Однако версия с именем Исайя выглядит убедительнее: прозвища от названий еды в фамилиях встречаются реже, чем сокращенные имена, да и само имя Сайка в старых источниках зафиксировано.

Прямое подтверждение древности фамилии находим в «Ономастиконе» академика С. Б. Веселовского: там записан Сайко Федорович Медиков, 1545 год. Это не обязательно прямой предок всех современных Сайкиных, но важное свидетельство того, что имя Сайка бытовало в середине XVI века и давало начало родовым именованиям. Сама фамилия Сайкина — форма женского рода, которая закрепилась за женщинами, тогда как мужчины носили вариант Сайкин.

По типу образования фамилия простая и прозрачная: основа Сайк- плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «чей-то»: Сайкин — значит сын Сайки. Такая модель одна из самых древних и массовых в русской ономастике, она не требует дополнительных пояснений и сохранилась в неизменном виде на протяжении столетий.