Фамилия Сайхунова — женская форма фамилии Сайхунов, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного суффикса. Подавляющее большинство русских фамилий образовано суффиксами -ов/-ев или -ин. Сайхунов заканчивается на -унов, что сразу выбивается из ряда. Такой суффикс — вариант менее распространённой модели, характерной для фамилий, возникших из прозвищ или имён на -ун. Сравните: Бегун — Бегунов, Говорун — Говорунов, Скакун — Скакунов. Сайхунов, скорее всего, стоит в том же ряду: основа Сайхун — это прозвище или некалендарное имя, а суффикс -ов просто добавил значение принадлежности («сын Сайхуна»).

Сама основа Сайхун — тёмная и не имеет однозначного славянского толкования. Здесь начинается самое интересное. Вероятнее всего, перед нами тюркское имя или прозвище. В тюркских языках «сай» означает «каменистый», «мелкий» (как в слове «сайгак» — животное, живущее в каменистых степях), а «хун» может быть искажением «кун» — «день» или «солнце». Вместе Сайхун могло означать «светлый (солнечный) камень» или быть географическим прозвищем — по названию реки. Вспомните: Сырдарья в древности называлась Яксарт, но у тюркских народов бытовало и название Сайхун для одной из рек Средней Азии. Если предок получил прозвище по реке, фамилия могла означать «выходец с берегов Сайхуна».

Менее вероятна, но возможна версия от арабского имени Сайф (меч) с тюркским уменьшительным суффиксом -хун. Тогда Сайхун — «маленький меч» или «меченосец», а фамилия — «потомок того, кого звали Мечом». Однако эта версия слабее: арабские имена в русских фамилиях чаще давали форму через -ов (Сайфов), а не через -унов.

География фамилии подсказывает, что носители Сайхуновых — не случайные люди на карте. Фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где веками жили тюркские народы и где русское население активно смешивалось с татарами и башкирами. Это укрепляет версию о тюркском происхождении основы.

Что касается сословия: фамилии на -унов редко принадлежали дворянству. Чаще их носили крестьяне, казаки или мещане. Сайхуновы, вероятно, были людьми незнатными, но с ярким прозвищем, которое закрепилось в документах. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано — это обычная родовая метка, указывающая на предка с необычным именем или местом жительства.