Фамилия Сайхунов — редкая, и её разбор требует внимания к нескольким деталям сразу. Основа здесь — имя или прозвище Сайхун. Слово «сайхун» в тюркских языках (например, в татарском, башкирском, казахском) может означать «щедрый», «обильный», «широкий», а также быть вариантом названия реки Сырдарьи (в древности — Яксарт, у тюрков — Сайхун). Таким образом, прозвище могло относиться либо к характеру человека (щедрый, размашистый), либо указывать на место его происхождения — с берегов Сырдарьи.

Суффикс -ов стандартен для русской фамильной модели, заимствованной в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья. Встречаются варианты написания Сайхунов и Сайхуннов (с удвоенной «н»), но первый вариант исторически основный. Фамилия образована по патронимическому принципу: от имени отца Сайхун → «чей?» — Сайхунов, то есть «сын Сайхуна».

Географически фамилия привязана к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается и у ногайцев. Интересная деталь: в документах XVIII–XIX веков у татар и башкир фамилии часто фиксировались в русской канцелярской записи с окончанием -ов, хотя в быту люди могли называть себя просто Сайхун. Поэтому носители фамилии Сайхунов — это, скорее всего, потомки служилых татар, тептярей или башкир, перешедших к оседлости и получивших фамилию при переписях.

Спорных версий немного: иногда пытаются связать основу с арабским «сахиб» (господин, владелец), но это натяжка — фонетический переход «б» в «х» и конечное «ун» нехарактерны. Правдоподобнее тюркское происхождение с прозрачной семантикой «щедрый» или географическая привязка к реке. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что делает её типичной для рядовых крестьянских и мещанских родов.