Фамилия Сейхунов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская или кавказская, а суффикс — русский, «приписанный» при адаптации. Разберем по порядку.

Корень фамилии — «Сейхун». Это имя или прозвище, которое могло прийти из нескольких языков. Самый прямой путь — от арабского или тюркского имени Сейхун (вариант Сейхан), которое восходит к древнему названию реки Сырдарьи — Яксарт, а в арабо-персидской традиции — Сейхун. В таком случае имя давали в честь реки, символизирующей силу, полноводье или долгий путь. Менее вероятно, но возможно, что основа связана с тюркским словом «сейхун» в значении «веселый», «жизнерадостный» — такой вариант встречается в диалектах.

Суффикс «-ов» — классический русский патронимический или посессивный, указывающий на принадлежность: «чей?» — Сейхунов, то есть сын или потомок человека по имени Сейхун. Это типично для фамилий, которые возникли в среде, где русская администрация или церковь фиксировала тюркские или мусульманские имена в форме «имя + -ов», как, например, у татар, башкир или народов Северного Кавказа.

Географически фамилия Сейхунов — редкая, но встречается в южных регионах России: в Дагестане, Чечне, а также среди астраханских и крымских татар. Это указывает на то, что предок носителя фамилии мог быть из народов, принявших ислам, где имя Сейхун было распространено. В русских же землях фамилия практически не бытует — это дополнительный аргумент в пользу не русской, а восточной основы.

Интересно, что фамилия Сейхунов — не единственная в этом ряду. Есть однокоренные Сейханов, Сейхунов, а также Сейфуллин (с другим суффиксом). Сравнение показывает, что основа «Сей-» часто восходит к арабскому «сейф» (меч) или «сейид» (господин), но в нашем случае «Сейхун» — отдельное имя, а не производное от этих корней. Так что, скорее всего, предки Сейхуновых — люди, носившие редкое восточное имя, которое затем оформилось в фамилию по русской модели.