Фамилия Сайнакова — женская форма фамилии Сайнаков. В русской традиции такие фамилии чаще всего образуются от мужских прозвищ или имен, оканчивающихся на согласный, с помощью суффикса -ов/-ев. Основа здесь — Сайнак. Слово это не встречается в современных словарях, но по структуре напоминает тюркские имена и прозвища.

Скорее всего, Сайнак — это диалектное или старое прозвище. В тюркских языках корень «сайн» может означать «хороший», «добрый», «качественный» (ср. казахское «сайын» — каждый, но в диалектах встречается и значение «ладный»). Аффикс -ак (-ек) часто образует уменьшительные или ласкательные формы личных имен (как Койшубак, Кунак). Таким образом, Сайнак могло быть ласковым прозвищем вроде «добряк», «хороший человек». Альтернативная версия — связь с тюркским словом «сай» (мель, перекат, русло) или «сайна» (звукоподражание, например, крику птицы), но это менее вероятно, так как суффикс -ак указывает на имя или прозвище человека.

Географически фамилия Сайнаков (и Сайнакова) редкая. Встречается в основном на Южном Урале и в Западной Сибири, среди потомков татар, башкир и казахов, переселившихся в эти края в XVIII–XIX веках. В метрических книгах Оренбургской и Тобольской губерний иногда попадаются записи о Сайнаковых, что подтверждает тюркское происхождение. В русской среде фамилия могла появиться через браки или при записи в казачье сословие, где часто «обрусевали» инородные прозвища.

Примечательная деталь: фамилия сохранила редкий для русского уха конечный элемент -наков, а не более привычное -ников. Это указывает на то, что исходное прозвище было не на -ик (как в фамилиях типа Садовников), а на -ак. В современных базах данных фамилия Сайнакова встречается в единичных экземплярах, что делает её ономастическим раритетом. Носительница такой фамилии почти наверняка имеет корни в татарской или башкирской среде, а её предки носили прозвище, означавшее что-то вроде «добрый малый» или «ладный человек».