Фамилия Сайпушева — женская форма, мужской вариант — Сайпушев. По способу образования это типичная русская фамилия с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный (в данном случае — ш). В основе лежит имя или прозвище Сайпуш.

Сразу бросается в глаза нерусский корень. Фамилия Сайпушев, скорее всего, имеет тюркское происхождение, что подтверждается и её географией. Она встречается в основном у народов Северного Кавказа и Поволжья — у ногайцев, кумыков, татар. В этом ряду фамилия Сайпушева нередка в Дагестане и Чечне.

Разбираем основу. Имя Сайпуш — это сложное тюркское имя. Первая часть «сай» в тюркских языках имеет несколько значений: «каменистое русло реки», «галька», а также «почтенный», «господин» (ср. с титулом «сайид» у мусульман). Вторая часть «пуш» восходит к персидскому «пуш» (پوش) — «покрывающий», «носящий», «одетый». Вместе имя может означать «носящий камень» (как оберег или украшение) либо «почтенный», «господин в одеянии». Однако есть и более прозаичная версия: «Сайпуш» могло быть уменьшительно-ласкательной формой от имени Сайпудин или Сайпулла (арабские имена с корнем «сайид» — господин).

Таким образом, фамилию Сайпушев образовали от имени Сайпуш, которое давали мальчику. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Сайпушев — «сын Сайпуша». В русской традиции такие фамилии закрепились за представителями тюркских народов после вхождения их земель в состав Российской империи, когда потребовалась фиксация по отчеству.

Что касается сословия, то носители фамилии могли быть как простыми крестьянами, так и представителями знати (узденями) — имя «Сайпуш» не несёт однозначной социальной окраски. В советское время фамилия распространилась шире, но её ядро по-прежнему остаётся в регионах с тюркским населением.