Фамилия Сайпушев — редкая, и её происхождение напрямую связано с этнической и языковой историей Поволжья и Приуралья. Основа фамилии — мужское имя Сайпуш, которое представляет собой вариант тюркского имени Сайбаш или Сайпуш. В тюркских языках, в частности в татарском и башкирском, «сай» означает «обильный», «щедрый», а «баш» — «голова», «глава». В слиянии с суффиксом -уш имя могло приобрести ласкательный оттенок или же быть диалектной формой. Таким образом, имя Сайпуш можно истолковать как «обильная голова» или «щедрый предводитель» — прозвище, данное человеку за богатство, хлебосольство или лидерские качества.

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий. В данном случае к основе Сайпуш- добавили -ев, что буквально значит «сын Сайпуша». Такая модель — типичная для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир и других народов, перешедших в православие и получивших русские фамилии по отцу. Суффикс -ев, а не -ин, указывает на то, что имя заканчивалось на согласный (Сайпуш), а не на гласный или -а/-я.

Географически фамилия Сайпушев почти наверняка уходит корнями в Оренбургскую область, Башкортостан или Татарстан. Именно в этих регионах распространены тюркские имена с корнем «сай» и фамилии, образованные по схеме «имя + -ев». Социальный контекст: предки носителя фамилии, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами из числа тептярей или башкир, которые несли службу или платили подати. В метрических книгах дореволюционного периода фамилия могла записываться как Сайпушев или, реже, Сайпушов — с буквой «о» под ударением, но современная норма закрепила написание через «е». Однокоренных фамилий, таких как Сайбашев или Сайбаталов, в тех же краях встречается больше, что подтверждает общую модель.