Фамилия Сайпуева — женская форма фамилии Сайпуев, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Разбирать её стоит с корня и суффикса, так как это сразу указывает на географию и этническую принадлежность.

Основа фамилии — личное имя Сайпу, которое является одним из вариантов чеченского или ингушского имени Сайпуддин (Сайфуддин) или Сайпуд. В арабо-мусульманской традиции имя Сайф ад-Дин означает «меч веры» или «меч религии». В вайнахских языках (чеченском и ингушском) оно адаптировалось в форму Сайпа, Сайпу, где конечный гласный — это часто суффикс, придающий имени определённый оттенок или просто фонетическое оформление. Таким образом, фамилия Сайпуев (и Сайпуева) восходит к мужскому имени, которое в основе своей — религиозное, с яркой семантикой силы и защиты.

Суффикс -ев (в мужской форме) — это классический русский патронимический формант, который присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или гласный звук. В данном случае он указывает на принадлежность к роду Сайпу: буквально «сын Сайпу» или «из рода Сайпу». Такое оформление фамилий характерно для народов Северного Кавказа, которые в XIX–XX веках, при включении в состав Российской империи и последующем документировании, получали русские по форме фамилии, образованные от их личных имён.

Географически фамилия Сайпуева распространена преимущественно в Чечне, Ингушетии и среди чеченской диаспоры. Встречаются носители и в Дагестане, но значительно реже. Сословного значения фамилия не имеет — она могла принадлежать как простым горцам, так и представителям тейпов, не связанным с княжескими или дворянскими родами. Основная масса носителей — потомки людей, получивших фамилию при первой переписи или при выдаче паспортов в советское время, когда имя отца или деда закреплялось в качестве фамильной основы.

Спорных версий происхождения немного, и они сводятся к попыткам вывести корень из тюркских языков (например, от «сай» — мелкий, или «сайпу» как вариант имени Сайфулла). Однако чеченская и ингушская этимология с именем Сайпуддин остаётся основной и наиболее обоснованной, поскольку именно в этих регионах фамилия наиболее частотна и имеет прозрачную связь с местным именником. Таким образом, предки носителей фамилии Сайпуева — это люди, носившие личное имя Сайпу, скорее всего, в XIX веке или ранее, жившие в горных или предгорных районах Чечни и Ингушетии.