Фамилия Сайпулаева — это классическая отчество-фамилия, то есть она образовалась от личного мужского имени, которое носил предок. В основе лежит имя Сайпула, которое, в свою очередь, является графическим и фонетическим вариантом более распространённого у мусульманских народов имени Сайпулла.

Разбираем имя по составу. В нём отчётливо выделяются два корня: «сайп» и «улла». Второй корень сомнений не вызывает: «улла» — это арабское «Аллах» в форме изафета (родительного падежа). С первым корнем сложнее. Наиболее правдоподобная версия связывает его с арабским словом «сайф» — «меч». Переход «ф» в «п» — явление для устной речи обычное, особенно при заимствовании через тюркские языки. Существует и самостоятельное арабское имя Сайф, а также его формы Сайфи и Сейфи. Если принять эту версию, то дословное значение имени Сайпула — «меч Аллаха».

Такое имя — типичный пример теофорного имени, то есть имени, включающего в себя имя Бога. Подобные имена (например, Абдулла — «раб Аллаха» или Аматулла — «слуга Аллаха») были широко распространены у народов, исповедующих ислам. Давая сыну имя с таким сильным значением, родители вкладывали в него пожелание, чтобы мальчик вырос сильным, смелым и стойким, как меч, и чтобы его защищала божественная сила.

Суффикс «-ева» в фамилии указывает на принадлежность: Сайпулаева — дочь или жена Сайпулы. Такая модель образования фамилий — через притяжательное прилагательное — характерна для русской и многих тюркских традиций. Однако точное время и место возникновения конкретного рода Сайпулаевых, а также их сословную принадлежность, определить без глубоких генеалогических изысканий невозможно. Процесс закрепления фамилий у разных народов растянулся на столетия, поэтому каждая ветвь этой фамилии может иметь свою уникальную историю.