Фамилия Сайжанова — явный случай, когда основа явно не славянская, а тюркская или арабо-персидская. В русском языке она оформлена по стандартной модели: к основе «Сайжан» добавили суффикс принадлежности -ов, а затем женское окончание -а. Мужской вариант фамилии — Сайжанов. Такая модель типична для фамилий, которые возникли у крещёных или обрусевших народов Поволжья, Кавказа или Средней Азии в XIX–XX веках.

Корень «Сайжан» составной. Первая часть, «Сай», скорее всего, восходит к тюркскому «сай» — «мелкий камень, галечник», «русло пересохшей реки» или «почва, покрытая щебнем». В казахском, киргизском и башкирском языках это слово также входит в состав географических названий и личных имён. Вторая часть, «жан», — классический персидский компонент, означающий «душа», «жизнь» или «дорогой, любимый». Он широко распространён в мусульманских именах (например, Арманжан, Гульжан) и добавляет имени ласкательный или почтительный оттенок.

Таким образом, имя Сайжан (а фамилия произошла от имени отца) можно перевести как «душа (дорогой) камня» или «каменистая душа». Второй вариант звучит поэтично, но по тюркской логике имя скорее указывало на ребёнка, родившегося в каменистой местности, или на человека с твёрдым, «каменным» характером. В ономастике принято считать, что подобные имена давали с пожеланием стойкости и долголетия.

Фамилия Сайжанова встречается в основном у башкир, татар и казахов, а также у народов Дагестана, где тюркские и персидские элементы смешивались с местными. В дореволюционной России эту фамилию могли носить представители разных сословий — от простых скотоводов до сельских мулл. Сейчас её географический центр — Башкортостан, Оренбургская область и Челябинская область. Встречаются варианты написания с одной «н» (Сайзанова) или с «с» на конце основы у мужчин (Сайжанов), но это редкие искажения при паспортизации.