Фамилия Сайжанов — одна из тех, где на первый взгляд ясна тюркская основа, но при детальном разборе возникают вопросы. Корень «Сайжан» почти наверняка восходит к мужскому личному имени Сайжан, которое распространено у казахов, башкир, татар и других тюркских народов. В этом имени две части: «сай» и «жан». «Сай» в тюркских языках может означать «каменистое русло реки», «галька», но в именах чаще выступает как часть сложных образований со значением «выбирающий», «отборный». «Жан» — это персидское заимствование, означающее «душа», «жизнь». Таким образом, имя Сайжан можно истолковать как «избранная душа» или «драгоценная жизнь» — типичное для восточной антропонимии пожелательное имя.

Словообразовательная модель фамилии стандартна для русского языка: к основе «Сайжан» добавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «сын Сайжана». Фамилия Сайжанов — это русифицированная форма тюркской фамилии, возникшая в среде крещёных татар, башкир или казахов, перешедших на русское делопроизводство. В исконной тюркской среде она могла бы звучать как Сайжанулы (у казахов) или Сайжанов (уже как русская запись).

Важный нюанс: ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — СайжАнов, что соответствует ударению в исходном имени. Географически фамилия встречается в регионах с тюркским населением: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской, Челябинской областях, а также в Казахстане. Сословно носители фамилии в XIX веке могли быть как государственными крестьянами, так и представителями служилых татар или казачьих сословий, поскольку имя Сайжан не было исключительно аристократическим.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Сайжанов стоит в одном ряду с Сайфуллин, Сайдашев, Сайфетдинов. Все они объединены корнем «сай-», но если Сайфуллин восходит к арабскому «сайф» (меч), то Сайжанов — к более прозрачной тюрко-персидской основе. Встречается также вариант написания Сайжанов, где «ж» может заменяться на «дж» в старых документах — Сайджанов, но это скорее исключение, чем правило.