Фамилия Саипжанов — редкий пример фамилии, где на стыке встретились арабское имя и тюркская патронимическая модель. Её основа — мужское имя Саипжан, которое распадается на две части: Саип и жан.

Первая часть, Саип, восходит к арабскому слову «сахиб» — «господин», «владелец», «хозяин». В исламской традиции это один из эпитетов, который мог даваться ребёнку с пожеланием уважения и самостоятельности. Вторая часть, жан, — классический тюрко-персидский компонент, означающий «душа», «жизнь». В именах он выполняет роль ласкательного суффикса (сравните с русскими уменьшительными формами) — примерно как «душенька» или «родной». Получается, что имя Саипжан можно перевести как «господин души» или «дорогой хозяин» — комплиментарное составное имя, характерное для Средней Азии, особенно для узбекской и таджикской среды.

Фамильный суффикс -ов указывает на русскую адаптацию. В XIX–XX веках, при оформлении документов в Российской империи и затем в СССР, многие фамилии нерусских народов получили стандартное окончание -ов/-ев по образцу русских отчеств. Таким образом, Саипжанов буквально означает «сын Саипжана» или «потомок Саипжана».

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, Таджикистану и прилегающим регионам. В России она встречается в основном среди выходцев из этих республик, особенно в крупных городах и в Поволжье, куда переселялись среднеазиатские народы.

В отличие от более частых фамилий типа Саипов (только от имени Саип) или Саиджанов (от Саиджан), форма Саипжанов фиксирует именно полное двусоставное имя. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был назван именно так — возможно, в честь уважаемого старшего, или же имя отражало социальный статус семьи: «сахиб» часто давали детям зажиточных или грамотных людей.

Спорных версий у этой фамилии немного. Иногда пытаются связать Саип с арабским «саиб» (правильный, верный), но это менее вероятно: в тюркской антропонимике форма «Саип» устойчиво закрепилась как вариант «Сахиб» из-за особенностей местного произношения, где звук «х» мог редуцироваться.