Фамилия Саипжанова — характерный пример восточной модели образования фамилий, где исходное имя или прозвище соединяется с формантом, указывающим на принадлежность. В данном случае основа — мужское имя Саипжан, а окончание -ова прямо говорит, что перед нами женская форма фамилии; её мужской вариант — Саипжанов.

Разбираем имя, лежащее в основе. «Саип» (араб. صائب) означает «правильный», «меткий», «верный», а в некоторых тюркских языках это слово также закрепилось как «хозяин», «владелец» (ср. казахское «саип» — владелец). Вторая часть — «жан» (перс. جان) — переводится как «душа», «жизнь», и в составных именах (например, Айжан, Гульжан, Саипжан) она выполняет роль ласкательного или почтительного компонента, буквально «дорогой», «любимый». Таким образом, имя Саипжан можно истолковать как «верная душа» или «дорогой хозяин» — в зависимости от того, на какое значение «саип» опираться.

Фамилии на -ов/-ев, образованные от мусульманских имён с компонентом «жан», типичны для народов Средней Азии и Казахстана, особенно для узбеков, казахов, таджиков и уйгуров. Русский суффикс -ов в таких фамилиях — следствие административного оформления в XIX–XX веках, когда имперская бюрократия русифицировала местные имена, добавляя окончания по образцу русских фамилий. Поэтому носительница фамилии Саипжанова с высокой вероятностью происходит из среды, где бытовали тюркские или иранские языки, и её предки носили имя Саипжан — либо как личное, либо как родовое прозвище, перешедшее в фамилию.

В отличие от многих русских фамилий, которые за столетия утратили связь с исходным прозвищем, здесь основа прозрачна и звучит почти как современное имя. Это делает фамилию одновременно и редкой для русского уха, и вполне узнаваемой в своём культурном ареале. Среди известных носителей фамилия встречается в основном в Узбекистане и Казахстане, но точных статистических данных по распространённости нет — фамилия не входит в число массовых даже в этих регионах.