Фамилия Себеханов — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно обратиться к тюркским языкам, где и скрыта основа. Скорее всего, в её основе лежит имя или прозвище Себехан. Первая часть, «Себе», может быть вариантом тюркского имени Себи, что означает «любимый», «возлюбленный» (от арабского «саби» — дитя, мальчик, но в тюркской огласовке — с оттенком ласки). Вторая часть — «хан» — титул правителя или князя, распространённый компонент в составных именах у многих тюркских народов (татар, башкир, казахов, народов Кавказа). Таким образом, Себехан — это «любимый хан» или «дитя-хан», имя, которое давали с пожеланием ребёнку стать уважаемым и влиятельным человеком.

Словообразовательная модель фамилии — стандартная для русского языка, но с восточной основой. Суффикс -ов (в форме Себеханов) указывает на принадлежность: «сын Себехана» или «из рода Себехана». Это типичная русификация тюркских фамилий, которая происходила в XIX–XX веках, когда представители мусульманских народов Российской империи получали фамилии по отцу с русским окончанием.

Географически фамилия Себеханов чаще всего встречается среди народов Северного Кавказа, особенно у чеченцев и ингушей. В этих языках имя Себе (или Себа) как самостоятельное встречается, и с добавлением «хан» оно приобретает форму, привычную для местной ономастики. В чеченском языке, например, есть мужское имя Себа, которое может означать «чистый», «святой» (от арабского «саба» — утро, чистота). В этом случае сочетание Себа + хан даёт значение «чистый хан» или «святой правитель». Обе версии — и «любимый», и «чистый» — лингвистически состоятельны, и определить, какая из них верна для конкретного рода, можно только зная местную диалектную традицию.

Второй, менее вероятный вариант — что «Себе» является искажением от «Себ» или «Сиб», корня, связанного с водой или болотом в некоторых тюркских языках. Но в контексте личных имён эта версия слаба, так как имя со значением «болотный хан» маловероятно.

Таким образом, предки носителей фамилии Себеханов, скорее всего, были мусульманами (вероятно, суннитами) с Северного Кавказа, а сама фамилия — памятью о предке, которого звали Себехан, что бы ни вкладывалось в это имя: пожелание власти, любви или чистоты.